実行時にならばショートカットキーを変えてしまえるので、
それで設定してしまえばいい。

そこで登場するのがShortCut関数。
なんかまんまじゃねーかといった感じだけれども、
これを使うと実行速度を確保しつつショートカットキーを変更できる。

function ShortCut(Key: Word; Shift: TShiftState): TShortCut;

Keyは文字通り設定するキー。Wordなので文字ではなくキーコードで指定する。
ShiftはShift、Alt、Ctrl等の状態を表す集合型。
例えばAlt+F4なら以下のようにしてやればいい。

Exit.ShortCut:= ShortCut(VK_F4,[ssAlt]);

ExitというメニューアイテムのショートカットキーをAlt+F4に設定する。
これを使えばユーザー側でショートカットキーをカスタマイズするという機能を提供できる。